尼康顯微鏡因其具有清晰寬闊的視野和成像質量以及較長的工作距離，并可根據試樣的具體情況靈活選擇透射光照明和反射光照明以及環形光等光源照明。顯微鏡光學結構原理是由一個共用的初級物鏡，對物體成像后的兩個光束被兩組中間物鏡亦稱變焦鏡分開并組成一定的角度，一般為12-15°，再經各自的目鏡成像。它的倍率變化是由改變中間鏡組之間的距離而獲得。
利用雙通道光路，雙目鏡筒中的左右兩光束不是平行，而是具有一定的夾角，兩個鏡筒的光軸構成相當于人們用雙目觀察一個物體時所形成的視角，所以觀察物體時能形成三維空間的立體視覺圖像。
因此在教學示范、生物解剖、公安部門作觀察分析、電子工業的精密零件裝配和檢驗以及農業上的種子檢查等方面有著極廣泛的應用。
對尼康顯微鏡的瞳距調節我們可扳動兩目鏡筒，可改變兩目鏡筒的出瞳距離。
當使用者觀察視場中的兩個圓形視場完全重合時，說明瞳距已調節好。應注意的是由于個體的視力及眼睛的調節差異，因此，不同的使用者或即便是同一使用者在不同時間使用同一臺顯微鏡時，應分別進行齊焦調整，以便獲得理想的觀察效果。無論是更換上光源燈泡，還是更換下光源燈泡，在更換前請務必將電源開關關上，電源線插頭一定要從電源插座上拔下。
當更換上光源燈泡時，先擰出上光源燈箱的滾花螺釘，取下燈箱，然后從燈座上卸下壞燈泡，換上好燈泡，再把燈箱和滾花螺釘裝上即可。當更換下光源燈泡時，需將毛玻璃臺板或黑白臺板，從底座上取出，然后從燈座上取下壞燈泡，換上好燈泡。再把毛玻璃臺板或黑白臺板裝好即可。更換燈泡時，請用干凈的軟布或棉紗將燈泡玻殼擦拭干凈，以保證照明效果。
